１００００系は四国連絡特急「サザン」の座席指定車に使用されます。９０００系と同じく、旧１０００系廃車のための置き換え用として作られました。「サザン」は、昼間は１００００系４両のなんば側に自由席車輌として７０００系列（７０００系・７１００系）を４両連結します。

　登場時は２連でしたが１９９２年に４連化することとなり中間車が登場、２連１０本に中間車を８両増備して４連２８本の体制となりました。その際先頭車６両も中間車化改造を受けています。中間車には化粧室、自動販売機などもついていて、１１０００系系と同仕様となった増備車は窓が連窓になったり、座席が多少硬めになったりシートピッチが拡大されたりしています。なお、移行期間のほんの一時期ですが、中間車の４連を挟んだ６両全車座席指定編成も走っていました。

　一時期10006Fは下り方のパンタを使用せず片パン化されていた時期がありましたが、これは試験的なものだと思われます。２２００系がそうであったようにいずれは全て片パン化されていくことも考えられますが、10006Fは現在は片パン化をやめています。