Ｅ２３１系は、はじめて通勤型と近郊型の区分を無くし、同一車体、同一形式名とした形式です。まず中央・総武緩行線に投入されました。ただし、区分無しと入っても、一応通勤向けと近郊向けがあり、近郊向け車輌は一部セミクロスシートです。逆に通勤向けには６扉車もあり、とても同一形式とは思えません。さらに、各路線にあわせて細かくカスタマイズされていますが、近郊、通勤に関わらず幅広車体が中心で、シングルアームパンタグラフです。Ｅ２３１系の最終試作車となった２０９系９５０番台は、Ｅ２３１系９００番台として総武緩行線を走っています。

　常磐線に投入されたＥ２３１系は２００２年から営業運転を開始しました。基本編成の１０連と付属編成の５連からなり、１０連及び１５連で運行しています。増解結が容易になるように電気連結器も装備しています。

　これまでのＥ２３１系と違い前面が白になっているため、２０９系５００番台のような印象を受けます。車体帯はラインカラーの青緑ですが、下帯には常磐線各駅停車との誤乗防止のため、試運転段階では無かった黄緑色が追加されました。乗務員室扉は同じくラインカラーであるエメラルドグリーン（青緑１号）となっています。

　一番最初に投入された中央・総武緩行線では１０連のみが走っており、５号車に６扉車を連結しています。２００１年暮れの改正で２０１系及び２０５系が総武緩行線から引退し他線区に転出、総武緩行線はこのＥ２３１系と２０９系５００番台の幅広車２本立てになりました。

　車体帯と乗務員室扉は１０１系の時代から受け継がれてきたラインカラーであるカナリア色（黄色５号）となっています。

　Ｅ２３１系近郊形仕様（１０００番台）はまず１１５系の置き換え用として高崎線に投入されました。通勤型との違いとしては、基本１０両編成と付属５両編成からなる１５連で、両端の２両ずつがセミクロスシートとなっており車椅子対応のトイレもあることなどです。もちろん通勤型と同じくシングルアームパンタグラフです。

　高崎線は１１５系、２１１系、そしてこのＥ２３１系と湘南色が受け継がれていますが、同じステンレスの２１１系とは塗り分けが異なります。線の太さは考えないことにしても、２１１系は上部のラインがオレンジ色であるのに対し、Ｅ２３１系は緑色です。乗務員室扉は緑色です。