５０００系は、１９８８年の瀬戸大橋線開業以来ＪＲ西日本所属の２１３系で運行されてきた岡山〜高松間の快速マリンライナーを置き換えるために２００３年に登場した新型マリンライナーです。ダブルデッカー先頭車以外は２２３系５０００番台と同一仕様で、性能的には２２３系２０００番台と同じであるため130km/h運転が可能で、以前より１０分程度の時間短縮が見込まれています。ダブルデッカー１両、普通中間車１両、普通先頭車１両の３両編成が６本で計１８両が製造されました。

　ダブルデッカー車以外のカラーリングは２２３系の５０００番台と同一ですが、ＪＲのロゴマークのみ四国の水色となっています。なお側面行先表示は全車ＬＥＤ表示器によるものとなっています。